Quando você faz o upload de seu arquivo .jar para o Ellastic Beanstalk, o comando padrão que a AWS usa para executar seu jar é simplesmente o java -jar.
Se você quer que parâmetros adicionais sejam informados, faça o seguinte:
Crie um arquivo zip com o nome que desejar.
Coloque seu .jar dentro do zip.
Crie um arquivo chamado Procfile dentro do zip.
Edite o arquivo Procfile e coloque o seguinte:
web: java -comando1... -comando2... -comando3... -jar application.jar
Faça o upload do .zip para sua instância beanstalk. Agora sua aplicação será executada com os comandos informados.